Ship to Gaza har verksamhet på allt fler platser i landet. Styrgruppen som har det övergripander ansvaret sitter i Stockholm, dit också lokalgrupperna kan skicka representanter. En del uppgifter har lagts ut till arbetsgrupper i andra städer, som t ex Hamngruppen som arbetar med tekniska frågor kring fartyg och rutt.
En lokalgrupp består vanligtvis av flera arbetsgrupper som arbetar med olika frågor. Många arbetsgrupper återfinns på flera orter, som t ex de som arbetar med PR eller evenemang. En del grupper samarbetar också på riksnivå, som t ex nätverksgrupperna som håller kontakt med organisationer och individer i Europa och Gaza.